Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Estu Utomo Boyolali berdiri pada tahun 2015 dengan rubah bentuk dari Akademi Kebidanan (AKBID) Estu Utomo Boyolali. Dalam rubah bentuk menjadi STIKES Estu Utomo menambahkan prodi baru yaitu Sarjana Keperawatan pada tahun 2015 hingga sekarang 2019 STIKES Estu Utomo Boyolali mempunyai 4 (Empat) prodi yaitu Diploma Tiga Kebidanan, Sarjana Kebidanan, Profesi Bidan dan Sarjana Keperawatan.
